在醫藥行業中，可以說是蕞早采用自動化立體倉庫的行業之一，與傳統的倉儲方式相比較，自動化立體倉庫利用計算機、條碼技術、射頻識別、數據挖掘等先進技術，實現了從入庫到出庫的整個物流過程的自動化監控和管理。藥品作為一種特殊商品，關系到人們的生命安全，對其有非常嚴格的法律法規，無論是藥品生產企業必須執行的GMP管理標準，還是藥品流通企業必須遵守的GSP管理標準經過，倉庫管理提出了相當高的要求。

傳統醫藥倉儲采用的人力管理機制，勞動量大，效率低。藥品儲運空間沒有有效的統籌規劃和精細化管理。通過控制藥品的質量、交貨和制造的時間以及溫度、濕度和分區的要求，很容易造成貨物過期和不必要的損失。自動化立體倉庫采用托盤/箱單元存儲方式，實現了藥品上架、整片揀選、拆揀揀選、審核包裝、免費容器回收等全過程的高度自動化作業。溫度監控、批號管理、有效期管理、先進先出要求。

醫藥自動化立體倉庫的空間利用率可以達到傳統平面倉庫的3-5倍，節省60%到80%的人力，提高作業效率30%以上，不僅大大降低藥品倉庫的面積，也提高了醫藥企業倉儲物流作業的準確性和周轉效率，也降低了藥品配送的錯誤率和企業的整體生產成本，藥品存儲的安全性也得到了保障在保證存儲密度的前提下。