根據是否可跨層作業，穿梭車系統可分為單層作業和跨層作業兩種模式。

1、經濟性對比

通常情況下，密集倉儲系統出入庫端均設有一定數量的緩存工位，用于出入庫物料的排序暫存。穿梭車連續完成某層的出入庫任務后，即可轉入另一層繼續執行出庫任務，從而減少穿梭車空閑時間，提高設備利用率。對于設置有合理數量的出入庫緩存工位的多層穿梭車系統，當穿梭車數量m滿足總出入庫流量時，增加穿梭車數量來增加系統效率的作用逐漸轉弱，即出現穿梭車閑置。

單層作業模式與多層作業模式在設備配置及控制系統方面均有差別，二者的經濟性，取決于系統采用單層作業模式時，穿梭車的閑置率。當閑置穿梭車的成本大于換層提升機的成本時，采用跨層作業模式更為經濟。

2、擴展性對比

“一軌多車”模式下，需考慮穿梭車之間的相互避讓，效率提高效果不佳，且控制復雜，所以單層作業模式幾乎沒有擴展性；而跨層作業模式可隨出入庫流量的增加，而增加穿梭車數量。

3、系統柔性對比

當某巷道穿梭車出現故障或其他意外情況時，對單層作業模式來講，該層該巷道的所有貨物都不能進行出入庫作業，這就對出入庫作業產生了極大影響，給企業帶來了一定損失；而對跨層作業模式，某一小車出現故障時，可以調度其他小車至該層完成出入庫作業，可以有效地將某一小車出現故障所帶來的影響降至蕞低，保證了系統整體性能。